电负性是分子中一个原子把电子拉向它自身的能力,是化学理论的基本概念之一。继Pauling建立第一个电负性标度后,提出了众多的电负性标度。只是在密度泛函理论的基础上,电负性概念和电负性均衡原理,才被精密地论证。近...
NPT系综下应用ABEEM-7P水分子模型的动力学模拟 CNKI文献
应用ABEEM-7P水分子模型,对含有216个水分子的液态水体系,采用周期性边界条件,在NVT和NPT系综下进行分子动力学模拟,研究了不同的NVT、NPT系综运行时间和压力弛豫时间,对分子动力学模拟的影响.通过分析,发现NVT系综运...
水合氢离子团簇从头算和ABEEM/MM的理论研究 CNKI文献
应用高水平的从头计算方法和ABEEM/MM模型,研究了水合氢离子团簇H3O+(H2O)n(n=1～6),优化得到了低能构象,探讨了其结合能和稳定性,显示出H3O+(H2O)3局域结构的优势存在.对H3O+(H2O)6VIa团簇的ABEEM电荷分布进行分析,表...
关键词： 水合氢离子 / 从头计算方法 / ABEEM/MM模型
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OH~-(H_2O)_n(n=1～8)团簇的量子化学研究 CNKI文献
分别在B3LYP/6-31++G(d,p)、MP2/6-31++G(d,p)、MP2/aug-cc-pVDZ水平下,对OH~-(H_2O)_n(n=1～8)团簇进行结构、二阶稳定化能、结合能等性质的研究,并进行电荷性质讨论,分析了上述稳定构象下的电荷分布和电荷转移.计算...
精确地预测配体和受体间的结合自由能是计算化学中最重要的问题之一.首先,从未知受体三维结构和已知受体三维结构2个角度出发,评述计算配体和受体间结合自由能的各种方法及其优缺点;其次,分析计算结合自由能过程中长期...
应用ABEEM/MM模型研究甘氨酸与水的氢键作用 CNKI文献
应用原子-键电负性均衡方法中的浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),我们构建了1个新的甘氨酸(Glycine)-水势能函数,并将其应用到甘氨酸与水组成的二聚体的研究中.首先研究了甘氨酸单体的几何构型,构型结果与可获得的实验数据...
杨忠志 马艳伟 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 2009年02期 期刊
关键词： 原子-键电负性均衡方法中的浮动电荷分子力场 / 甘氨酸 / 氢键作用 / 结合能
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利用密度泛函理论(B3LYP/6-31G(d,p))方法,对所选取的掺杂硼氮石墨烯分子模型进行了优化.比较其(LUMO-HOMO)能隙,可以得出,在石墨烯锯齿形边缘掺杂一个硼或氮原子会对其电子特性产生规律性的影响.为了更直观的分析掺杂...
杨忠志 战立堂 《商丘师范学院学报》 2013年09期 期刊
关键词： 密度泛函理论 / 原子键电负性均衡原理 / 掺杂石墨烯 / 能隙
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探究快速地获得丙氨酸三肽的稳定构象.利用Gaussian09程序包中的HF/6-31G(d,p)方法得到丙氨酸三肽势能面.固定二面角φ2、ψ2的度数,改变二面角φ1、ψ1,计算了丙氨酸三肽不同结构的相对能量,这些结构的相对能量的图像...
以内部掺杂1对硼氮原子的单层锯齿形边缘石墨烯为模型,利用密度泛函理论B3LYP/6-31G(d,p)方法优化模型的结构.定义硼氮双原子掺杂石墨烯体系中各位点的ABEEMσπ标号,以HF/STO-3G方法计算的体系电荷为标准,拟合并确定...
运用当前发展的40种密度泛函方法对30种包含碳氧单键C-OH的有机物中碳氧单键的解离能进行理论计算,并将获得的理论值与已知实验值进行比较,发现BMK和MPW1B95两种密度泛函方法用于碳氧单键解离能的计算所得到的结果相对...
用DFT和ABEEMσπ对不同形状单层石墨烯结构研究 CNKI文献
选取完整的单层矩形(41个碳环)石墨烯构型和完整单层正六边形(37个碳环)石墨烯构型,采用B3LYP/6-31G(d,p)方法进行几何优化,计算完整石墨烯构型的HOMO和LUMO分布、能隙及电荷分布.研究结果显示,完整的矩形石墨烯的HOM...
密度泛函理论下的分子电负性——Ⅱ.基团电负性及基团中原子... CNKI文献
依据密度泛函理论和电负性均衡原理,由分子中原子有效电负性更为精密的表达式,提出和建立了计算基团电负性及基团中原子电荷分布的新方案,并给出了一些常见原子的电负性和硬度的各类价态参数。通过对100多个基团进行的...
应用Fukui函数探讨双苯基-取代的自由基闭环反应的区位选择... CNKI文献
应用概念密度泛函理论下的反应性指标Fukui函数,结合局域硬软酸碱(HSAB)原理,解释和预测双苯基-取代的自由基闭环反应的区位选择性,其中活性指标是通过ABEEMσπ模型获得的.通过研究得出,发生反应的反应中心的Fukui函...
应用ABEEMσπ/MM方法计算小分子肽的总能量 CNKI文献
把分子力场(MM)和原子-键电负性均衡方法(ABEEMσπ)协调融合在一起,采用ABEEMσπ/MM方法的分子能量计算方法,选取直链烷烃(n=1~10)、丙酮、丁酮、3-戊酮、N-甲基乙酰胺(NMA)、丙氨酸二肽和若干种氨基酸作为模型分子...
杨忠志 赵洪伟 《辽宁师范大学学报(自然科学版)》 2011年03期 期刊
关键词： ABEEMσπ/MM / 从头算 / 小分子肽 / 分子能量
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通过对任意2个1s型高斯函数重叠积分的计算,明确了轨道重叠过程中影响重叠积分大小的2个主要因素——核间距及轨道指数的作用,并得出核间距越大重叠积分越小、轨道指数越小重叠积分越大的结论;其次,通过固定2个原子间...
基于Marching Cubes方法计算分子体积 CNKI文献
利用Marching Cubes方法,基于分子形貌理论,提出了分子等值面模型体积的计算公式.首先,利用二进制和十进制的转换关系定义体元顶点的标号,并将与分子表面相交的体元归纳为16种不同的构型,其中包括基本构型和特殊构型....
将分子力场中的能量项加入到原子-键电负性均衡方法(ABEEM)的能量表达式中,获得了计算烷烃分子能量的方法.选取13个简单烷烃分子CnH2n+2(n=1～6)作为模型分子,调节分子中不同类型的碳和氢原子的价态能量参数.应用这些...
应用ABEEM/MM力场模型研究水分子团簇(H_2O)_n(n=7～35)的性... CNKI文献
应用ABEEM/MM模型研究和计算了水分子团簇(H2O)n(n=7～35)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度、团簇的递增结合能等,并描述了六聚水区域中...
杨忠志 钱萍... 《分子科学学报》 2008年02期 期刊
关键词： 水分子团簇 / 原子-键电负性均衡方法 / ABEEM/MM模型 / 分子力场
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原子边界半径的半经验方法和从头计算方法关系的探讨 CNKI文献
根据计算原子边界半径的理论方法(半经验方法,从头计算方法),对半经验方法与从头计算方法的关系进行了探讨,发现二者具有较好的一致性,这验证了半经验方法中所采用的假设的合理性,由其计算得到的原子边界半径代表着原...
血红素近轴侧基氢键的ABEEM/MM分子动力学模拟 CNKI文献
应用ABEEM/MM浮动电荷力场对鲸鱼肌红蛋白及突变体进行了分子动力学模拟.结果表明,血红素近轴侧基不存在稳定的双氢键,该氢键对轴配体咪唑的取向不起决定性作用,而咪唑的取向与键联的组氨酸有密切联系.同时表明,血红素...
关键词： ABEEM/MM力场 / 动力学模拟 / 血红素 / 咪唑基
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