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基于图卷积网络的代谢物识别方法研究  CNKI文献

代谢组学是系统生物学的重要组成部分,主要针对一定时期内细胞中的代谢物进行分析。代谢物主要是指参与细胞反应的小分子,可以提供有关于细胞状态的详细信息,为后续的研究提供基础。质谱法是识别代谢物的标准方...

褚梦晨 导师:王利民 吉林大学 2021-06-01 硕士论文

关键词: 图卷积网络 / 代谢组学 / 代谢物识别 / 碎片树

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肺癌功能翻译后修饰的生物信息学分析  CNKI文献

蛋白质翻译后修饰(Post-translational modification,PTM)是生物体内重要的调控手段,也是许多细胞信号事件的核心。翻译后修饰可以通过在蛋白质上添加不同的小分子基团而使蛋白质的理化性质、结构或活性发生改变,从而...

周嘉琦 导师:薛宇 华中科技大学 2020-05-07 博士论文

关键词: 功能蛋白质翻译后修饰 / 多组学分析 / 机器学习 / 生物信息学

下载(129)| 被引(0)

基于深度学习串联质谱蛋白质鉴定方法研究  CNKI文献

基于串联质谱的肽鉴定是蛋白质组学的关键算法之一,而蛋白质序列数据库搜索是目前常用的肽鉴定方法。在传统的蛋白质序列数据库搜索中,通常需要先对每个肽段进行理论谱的构建,只考虑了质荷比的信息,但是与同位素...

许睿 导师:朱云平 重庆邮电大学 2020-04-24 硕士论文

关键词: 蛋白质序列数据库 / 串联质谱 / 深度学习 / 同位素峰强度

下载(131)| 被引(0)

基于深度学习串联质谱离子信息的蛋白质从头...  CNKI文献

近年来,随着分子生物学、质谱技术等的飞速发展,蛋白质组学的研究受到了越来越多的关注,并在许多领域都得到了广泛应用。作为蛋白质组学的一项关键技术,从头测序方法能够直接根据串联质谱鉴定得到肽段的氨...

狄磊 导师:路永钢 兰州大学 2020-03-01 硕士论文

关键词: 蛋白质从头测序 / 深度学习 / 串联质谱 / 碎片离子

下载(164)| 被引(0)

肽段的理论串联质谱图预测方法研究进展  CNKI文献

基于串联质谱技术的蛋白质组学已经成为生命科学领域的重要工具,其中肽段的理论串联质谱图(通常也被称为二级谱图)预测问题在近年来广受关注.大量高质量质谱数据的积累和计算技术的发展为此问题的解...

周撷璇 任睿... 《生物化学与生物物理进展》 2019年02期 期刊

关键词: 质谱 / 蛋白质组学 / 移动质子模型 / 机器学习

下载(182)| 被引(2)

基于支持向量机的串联谱图预处理模型  CNKI文献

基于串联质谱技术的分析方法是如今蛋白质鉴定方法中的主角。随着科技技术的发展,质谱技术也日趋成熟,能够在很短时间内产生大量质谱图,但遗憾的是,几乎每张谱图中都存在或多或少的噪音。一方面,噪...

谢丹丹 导师:张胜利 深圳大学 2017-06-30 硕士论文

关键词: 蛋白质组 / 串联质谱图 / 谱峰预处理 / 除噪

下载(123)| 被引(1)

基于梯度提升决策树的肽碎片离子强度建模  CNKI文献

蛋白质的鉴定是蛋白质组学的一个重要分支,其目标主要是对生物体内的蛋白质数量与种类进行鉴定。基于串联质谱质谱测序技术已经成为现阶段蛋白质序列鉴定的核心技术之一。在生物实验室中,每天都有大量的...

怀浩 导师:张龙波 山东理工大学 2017-04-20 硕士论文

关键词: 串联质谱 / 蛋白质鉴定 / 肽碎片离子强度 / 梯度提升决策树

下载(81)| 被引(1)

目标-诱饵库搜索策略在蛋白质组质谱鉴定和质控中的应...  CNKI文献

基于串联质谱的蛋白质组研究会产生海量的质谱数据,这些数据通常使用数据库搜索引擎进行鉴定分析,并根据肽段谱图匹配(PSM)反推真实的样品蛋白质.对于高通量蛋白质组数据的处理,其鉴定结果的可信是后续分...

冯晓东 马洁... 《生物化学与生物物理进展》 2016年07期 期刊

关键词: 串联质谱 / 蛋白质鉴定 / 目标-诱饵 / 质量控制

下载(230)| 被引(8)

pTop:整体蛋白质上的规模化鉴定算法  CNKI文献

目前,蛋白质鉴定广泛采用的方法是基于酶切肽段的串联质谱技术;最近五年多,高效的整体蛋白质分离技术和高分辨率的质谱技术的快速发展,使得研究人员开始采用基于整体蛋白质的串联质谱技术来鉴定蛋白质及其翻译后修饰[...

孙瑞祥 罗兰... 中国化学会第二届全国质谱分析学术报告会会议摘要集 2015-10-16 中国会议

关键词: Top-down / 整体蛋白质 / 谱图预处理 / 机器学习

下载(36)| 被引(0)

pNovo:基于串联质谱的从头测序方法的研究  CNKI文献

利用串联质谱进行蛋白质鉴定通常有两大类方法:数据库搜索与肽段从头测序。从头测序方法不需要数据库的辅助,而是直接从谱图中推导出肽段序列[1,2]。理论上,如果一条肽段碎裂得比较充分,以至于质谱中存在它的所有或大...

杨皓 迟浩... 中国化学会第二届全国质谱分析学术报告会会议摘要集 2015-10-16 中国会议

关键词: 串联质谱 / 从头测序 / 谱图预处理 / 细打分

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基于贝叶斯的质谱数据分析方法  CNKI文献

伴随着人类基因组计划发展起来的基因组学为人类探索生命的原理起来划时代的重要作用。但是在其发展的同时,人们慢慢认识到只从基因水平上去探索生命的本质是完全不够的,需要从更根本的本质上去研究揭示生命现象,这样...

尹康平 导师:石铁流 华东师范大学 2012-05-01 硕士论文

关键词: 质谱 / 蛋白质组学 / 贝叶斯理论 / 机器学习

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基于核的学习算法与应用  CNKI文献

核技巧是解决非线性问题的强力工具,基于核的学习理论与算法研究是机器学习领域的研究热点.本文主要针对核学习算法设计及其在高炉冶炼过程、蛋白质鉴定问题中的若干应用展开研究. 核学习

渐令 导师:夏尊铨 大连理工大学 2012-03-01 博士论文

关键词: 核学习算法 / 多核学习 / 高炉冶炼过程 / 串联质谱

下载(596)| 被引(7)

基于智能Agent的生物信息检索系统设计与实现  CNKI文献

生物信息学是生物学与计算机科学以及应用数学等学科相互交叉而形成的一门新兴学科。生物信息数据库中数据呈指数增长,如何有效组织、检索、处理出需要信息成为当前面临的挑战。在生物信息学领域,利用串联质谱搜...

刘兴萍 导师:朱清新 电子科技大学 2009-03-01 硕士论文

关键词: 信息检索 / 生物信息学 / 串联质谱 / 机器学习

下载(169)| 被引(2)

机器学习方法预测蛋白质相互作用应用Logistic回归提...  CNKI文献

蛋白质组学成为后基因组时代的热点学科。生物质谱、蛋白质芯片等高通量实验技术的发明极大地推动了蛋白质组学的发展。本文致力于通过生物信息学的方法,进一步提高当前高通量实验技术的效率和精确程度,以更低的...

邵晨 导师:高友鹤 中国协和医科大学 2008-10-01 博士论文

关键词: 蛋白质—蛋白质相互作用 / 蛋白质组学 / 生物信息学 / 串联质谱

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pPre_ITMS:基于机器学习方法的串联质谱数据预...  CNKI文献

串联质谱技术被广泛应用于高通量的蛋白质鉴定。质谱中噪音峰和同位素峰的存在会降低蛋白质鉴定的准确性,同时增加计算负担。pPre_ITMS系统是针对离子阱数据,利用机器学习中的最大期望方法和决策树...

邹翠 付岩... 《计算机工程与设计》 2007年09期 期刊

关键词: 机器学习 / 串联质谱 / 预处理

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蛋白质组研究中离子阱串联质谱数据搜库结果解释方法  CNKI文献

基于离子阱串联质谱仪的鸟枪法是一种高通量的蛋白质鉴定方法。得到的数据一般使用软件SE-QUEST搜索蛋白质序列数据库,得到肽段鉴定列表以及相应的打分。为了得到蛋白质鉴定列表,还需要进行肽段鉴定结果的过滤和...

张纪阳 朱云平... 《生物物理学报》 2006年04期 期刊

关键词: SEQUEST / 离子阱串联质谱 / 数据质量控制 / 蛋白质鉴定

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串联质谱数据的预处理方法研究  CNKI文献

近年来,基于串联质谱技术的蛋白质鉴定,逐渐成为蛋白质组学研究中的关键问题,而质谱数据的预处理是其中不可忽略的问题之一,因为质谱中的大量噪声使得鉴定时间的增加和精度的下降,而且同位素峰的存...

邹翠 导师:赵德斌 中国科学院研究生院(计算技术研究所) 2006-05-01 硕士论文

关键词: 串联质谱 / 蛋白质鉴定 / 离子阱 / 同位素

下载(714)| 被引(1)

规模化蛋白质鉴定中的串联质谱数据评价方法  CNKI文献

随着蛋白质组学研究的蓬勃发展,尤其是近年来对规模化表达谱作图的重视,促使大量蛋白质被鉴定出来,但同时带来了数据质量控制的问题,如何有效去除假阳性结果,提高数据的可靠性,并使得来自不同技术路线、不同质谱

杨兵 应万涛... 《生命的化学》 2005年05期 期刊

关键词: 蛋白质鉴定 / 串联质谱 / 假阳性率 / 蛋白质组

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